Incluso Colo-Colo y Universidad Católica, se enfrentaron 4 veces en la Copa Libertadores de América de ese año, donde el saldo fue de 2 triunfos albos (ambas en los duelos jugados en el Estadio Monumental David Arellano), un triunfo cruzado y un empate (estos 2 últimos resultados, en los duelos jugados en el Estadio Nacional). Universidad Católica que fue el subcampeón, realizó buenos fichajes ese año, incorporando al seleccionado paraguayo Hugo Brizuela y trajo de vuelta, al ídolo del equipo cruzado Sebastián Rozental. Por otro lado, la ANFP determinó cambiar el formato de torneo anual, que regía hasta ese entonces, por el sistema de dos campeonatos en el año, Torneo de Apertura y Torneo de Clausura, tal como en 1997, pero dividiéndose cada torneo en una fase inicial, de fechas regulares bajo el sistema de todos contra todos, y una fase final de play offs, a la que clasifican los equipos, con mayor cantidad de puntos, en la primera fase (o fase regular), enfrentándose entre ellos, bajo el sistema de eliminación directa en partidos de ida y de vuelta, manchester united camiseta hasta la obtención del título. En el Torneo de Apertura 2004, Universidad de Chile que era dirigida por Héctor Pinto, volvió a la cima y se proclamó campeón, en una reñida campaña, en la cual terminó derrotando en definición a penales a Cobreloa en Calama, tras empatar 0-0 en el partido de ida y 1-1 en el de vuelta, arruinando el primer tricampeonato de los calameños.

La Liga Aquea era una confederación en la que cada Estado o ciudad miembro era autónomo, pero todos los miembros participaban en el Consejo que se reunía dos veces al año para formular la política exterior común y para promulgar la legislación relativa a cuestiones económicas tales como la moneda. El halfback (HB) o tailback (TB) es el corredor que recibe la mayoría de los balones y que lleva todo el peso del juego de carrera. Además, este torneo fue el último torneo, del ídolo de Colo-Colo, el argentino Marcelo Espina, ya que se retiró en junio de ese año, para iniciar su carrera como entrenador, precisamente en el equipo colocolino, en el Torneo de Apertura de 2005. Eso sí, en el Torneo de Clausura de ese mismo año, los albos contrataron a su compatriota e ídolo albo Ricardo Dabrowski como entrenador e incorporó a los también trasandinos Darío Cajaravilla, Marcelo Verón, German Real y Adrián «Carucha» Fernández, de los cuales solo rindió el delantero German Real, quien se quedó para el Torneo de Apertura 2005, cuando los albos ya tenían a Marcelo Espina, como el sucesor de Dabrowski como entrenador. Además, Cobreloa que terminó clasificando a la Copa Libertadores 2003 como Chile 3, se reforzó a inicios de año, con el delantero uruguayo Osvaldo Canobbio, que a pesar de que estuvo solo esa temporada en el club, se convirtió en un aporte, a base de goles y siendo titular indiscutido, durante gran parte de la temporada.

Las sorpresas de los fichajes, las protagonizaron Palestino, que fichó al seleccionado guatemaltéco Dwight Pezzarossi (que terminó siendo el goleador del equipo, en esa misma temporada, siendo traspasado al año siguiente a Santiago Wanderers), Deportes Concepción que fichó a los argentinos Carlos Navarro Montoya y Diego Soñora, aprovechando de que los penquistas, disputaban la Copa Libertadores de América y Rangers, que incorporó al nigeriano Ike Uzoma, quien se convirtió en el primer jugador africano, en jugar en el fútbol chileno. En el plantel universitario, destacaron las figuras de Rodrigo Tello, Leonardo Rodríguez, Esteban Valencia, Rafael Olarra, Luis Musrri, Ricardo Rojas, Eduardo Arancibia, Ronald Fuentes, Flavio Maestri, inter de miami camiseta Sergio Vargas y el goleador Pedro González. El equipo albo, contó con un plantel de jerarquía, donde destacaron las figuras de Marcelo Ramírez, Claudio Arbiza, Pedro Reyes, Juan Carlos González, Francisco Rojas, Emerson Pereira, Marco Villaseca, Marcelo Espina, Marcelo Barticciotto, José Luis Sierra, Fernando Vergara, Ivo Basay, Héctor Tapia, Manuel Neira y Sebastián González y dirigidos por el entrenador paraguayo Gustavo Benítez.

José Manuel Pinto consiguió el trofeo al portero menos goleado por primera vez en su carrera, desbancando a Santiago Cañizares en la última jornada. El campeonato nacional de 1996, tuvo por campeón a Colo-Colo, que se adjudicó su vigésimo trofeo de Primera División, teniendo al paraguayo Gustavo Benítez como entrenador y contando con jugadores como Ivo Basay, Fernando Vergara, José Luis Sierra, Marcelo Ramírez, Claudio Arbiza, Pedro Reyes, Juan Carlos González, Francisco Rojas, Fabián Guevara, Emerson Pereira, Mario Salas, Marcelo Espina, Marcelo Barticciotto y Héctor Tapia, superando a la Universidad Católica (que fue su más cercano escolta y que días después, ganó la Liguilla de Copa Libertadores), Cobreloa, Audax Italiano (equipo que ya estaba de vuelta en la categoría, en compañía de Santiago Wanderers) y Universidad de Chile, en la tabla de posiciones. Gestor de este logro fue el entrenador César Vaccia, que contó con jugadores consolidados, como Sergio Vargas, Leonardo Rodríguez, Pedro González, Rodrigo Tello, Rodrigo Barrera, Rafael Olarra, Ricardo Rojas, Ronald Fuentes, Pablo Galdames, Luis Musrri y Diego Rivarola. En el Torneo de Clausura, Colo-Colo, con un plantel juvenil (con la excepción de los veteranos Marcelo Espina y Marcelo Barticciotto) y ante la quiebra, declarada a comienzos de año, se coronó campeón derrotando al equipo cruzado, que comandaba Juvenal Olmos (quien al año siguiente, parte a dirigir a la selección chilena adulta).