Para la fundación de la División Mayor del Fútbol Colombiano y por ende del Fútbol Profesional Colombiano en Barranquilla asistió como representante Jorge Osorio Cadavid que se desempeñaba como presidente en el momento. El primer presidente que tuvo Atlético Nacional luego de su fundación fue Luis Alberto Villegas Lopera (expresidente de la Liga Antioqueña de fútbol), quien junto a Júlio Ortiz, Jorge Osorio Cadavid, Jorge Gómez, Arturo Torres, Gilberto Molina, Alberto Eastman y Raúl Zapata Lotero crearon la sociedad con el fin de estimular los deportes y establecer el fútbol y el baloncesto profesional en Antioquia. En el segundo semestre del año 2019 regresó el profesor Juan Carlos Osorio. Años atrás sobresalió el «Kinder de Zubeldía», y con ello más tarde salieron grandes jugadores como Andrés Escobar, Víctor Hugo Aristizabal, Juan Pablo Ángel, Víctor Marulanda, Aquivaldo Mosquera, Camilo Zúñiga, David Ospina, camiseta fútbol entre otros. Más tarde Fabricato, una de las principales empresas de textiles de Medellín, se vinculó al equipo al comprar la mayoría de sus acciones. Durante la dirección del argentino, Nacional perdió en casa la Superliga y aunque logró llevar al equipo a la final del Torneo Apertura 2018, el club fue derrotado por el Deportes Tolima.

Posteriormente en la Copa Libertadores, el club quedó eliminado en octavos de final por Atlético Tucumán, lo que provocó la renuncia de Almirón dos días después del partido. Durante gran parte de la década de los cincuenta el club funcionó con el liderazgo que ejercían algunos jugadores como Humberto Álvarez y Ricardo Ruíz, camisetas futbol pues Nacional ante la crisis económica no tenía como pagar salarios y fue gracias a la idea de crear «natilleras» que el equipo se sostuvo en el profesionalismo. Cienciano fue el justo ganador de ese vibrante compromiso ante un digno rival, tomo la iniciativa desde el pitazo inicial de juego, llegando con claridad sobre la portería de Juan «Chiquito» Flores el único gol lo convirtió el «Coló» Zapata a los 18 minutos del primer tiempo con un gol impecable de cabeza, las pocas ocasiones de gol generadas por Estudiantes de Medicina fueron ahogados por el portero cusqueño. Desde la fundación del club, Municipal ha mantenido un mismo estilo en su escudo, aunque ha sufrido pequeñas modificaciones a lo largo del tiempo. Sin embargo, tras el largo periodo de tres décadas sin éxitos, por fin llegaría el renacer italiano. El 20 de diciembre del mismo año, firmó por tres temporadas Jorge Almirón.

El 15 de diciembre del 2020 fue presentado como entrenador Alexandre Guimaraes, con el asistente técnico Juliano Fontana. El 1 de noviembre del 2020 el plantel confirmó su salida por los malos resultados. En 1960 retornaron los antiguos dirigentes para tomar la riendas del equipo, pero en contra de lo que se pensaba, los resultados deportivos no llegaron. La relación con Fabricato duró hasta noviembre de 1952, debido a los pobres resultados y la mala situación económica del equipo, la empresa decidió ceder sus acciones a un grupo de aficionados encabezados por el señor Miguel Mesa Acosta. El club no posee socios y su estructura económica se basa en el patrocinio de Postobón (empresa perteneciente a la misma organización). En 1996 el equipo fue adquirido por la Organización Ardila Lülle, propiedad del empresario colombiano Carlos Ardila Lülle. El modelo dirigencial de Nacional es algo diferente a lo que se maneja en el resto del mundo, pues todo el patrimonio pertenece a la Organización Ardila Lülle y la elección de presidentes y demás es decisión del comité ejecutivo.

Desde su fundación el club ha tenido veintitrés presidentes, cuatro presidentes encargados y una comisión conformada por el director técnico y los jugadores. Fue bajo su presidencia (cuatro etapas en total) que el equipo verde se inscribió entre los grandes de Colombia y se ganó el respeto en todos los rincones del país. Históricamente las categorías inferiores o divisiones menores del club han sido grandes protagonistas en el aporte de jugadores al equipo profesional. Estructuralmente las divisiones menores de Atlético Nacional tienen como base las escuelas de fútbol. El club cuenta con escuelas de formación en: Primera A Sub-20, Primera C, Juvenil, Sub-17, Sub-16, Sub-15, Sub-13, Pony, Pre-Pony. Fuera del país cuenta con escuelas en Miami y Orlando (Florida, Estados Unidos). En el torneo solo participan niños y jóvenes de bajos recursos, el torneo es masculino y cuenta con las categorías Sub-11, 13, 15 y 17. Para la temporada 2016 los partidos se disputan en el estadio Cincuentenario de Medellín.