La Liga Paraguaya de Fútbol consigue afiliarse a la Confederación Sudamericana de Futbol, camisetas de futbol durante la presidencia de Enrique Pinho. Ese mismo año ganó a nivel individual el premio al futbolista nipón del año, su presencia en el once inicial de la J. League, y su primer galardón como mejor futbolista para la Confederación Asiática de Fútbol, título que revalidó un año después. Comenzó su carrera profesional en 1995 en las filas del Bellmare Hiratsuka de la J. League, donde ganó a nivel individual el título de mejor jugador de la Confederación Asiática de Fútbol dos años consecutivos. Después de su actuación en el torneo asiático, recibió ofertas de clubes de la J. League, máxima categoría profesional del país, y con 18 años fichó en 1995 por el Bellmare Hiratsuka. A raíz de su actuación en ese torneo fue convocado por la selección de fútbol de Japón para el Campeonato Juvenil de la AFC sub-19, que se celebró ese año en Indonesia, y donde su país perdió en la final frente a Siria. A raíz de su actuación en el Mundial y de sus estadísticas en la liga japonesa, Nakata llamó la atención del Perugia Calcio italiano, un recién ascendido a Serie A, que pagó cuatro millones de dólares al Bellmare, que en esas fechas atravesaba problemas económicos.

Durante la Copa Mundial de Fútbol de 2006, la FIFA estableció oficialmente el «Premio Gillette al Mejor Jugador Joven» auspiciado por dicha empresa, como forma de premiar al mejor jugador participante en cada torneo menor de 21 años. En su año de debut con los parmesanos ganó la Copa Italia, y durante dos temporadas mantuvo un buen nivel de forma. El jugador disputó 20 encuentros pero quedó relegado al banquillo, y al año siguiente volvió a ser cedido. Aunque tuvo propuestas de clubes más potentes, como Júbilo Iwata o Yokohama Marinos, el jugador prefirió irse a un club de menor categoría, donde su rol cobraría más importancia. Se retomaba así el equipo sub-15 de España, que no competía desde 2007, cuando lo hizo en el Torneo Villa de Santiago del Teide con jugadores como Iker Muniain, Koke Resurrección, Marc Muniesa, Pablo Sarabia y Dani Carvajal. En esta temporada el equipo logró alcanzar la primera posición en la jornada 22, habiendo hecho un arranque algo irregular debido a la gran cantidad de empates que posteriormente le perjudicaría en la finalización prematura del campeonato como consecuencia de la pandemia del COVID-19, que paralizó todas las competiciones deportivas, entre ellas la Segunda División B. Como dato positivo, cabe destacar que en liga el equipo perdió solo un partido en toda la temporada en el campo del Badajoz por 1-0. Por desgracia para el equipo, la temporada se dio por finalizada en la jornada 28, en la cual el equipo quedó segundo, perdiendo el liderato con el Cartagena.

Datos actualizados al último partido jugado el 14 de mayo de 2023. En negrita competiciones en activo. Tras su paso por varios clubes italianos como el Parma o la Fiorentina, y un traspaso a la Premier League en las filas del Bolton Wanderers, Nakata anunció su retirada de las competiciones profesionales el 3 de julio de 2006, a los 29 años. Doctorado en medicina por la facultad de Ribeirão Preto (adscrita a la Universidad de São Paulo), camiseta futbol 2024 no ejerció la profesión hasta su retirada. Con la selección japonesa, Hidetoshi lideró a un combinado nacional que por primera vez, superó la fase de grupos y llegó hasta octavos de final, donde fue derrotado por Turquía. Nakata se convirtió en la estrella del Bellmare y comenzó a ser habitual en las convocatorias de la selección absoluta, que en 1997 logró su primera clasificación para la Copa Mundial de Fútbol. En cuanto a su trayectoria internacional, Nakata pasó por todas las categorías de la selección japonesa. También se inicia con la novedad de enfrentar su primer torneo internacional en la copa de Concacaf pero tiene un papel lamentable y es eliminado en las rondas previas por Olimpia 3-1, debido a estos compromisos de inicio de año pospone su juego contra Monterrey de la fecha 3 y adelantó su encuentro de la fecha 2 contra Necaxa empatando 1-1 con gol de Pablo Hernán Gómez, en el estadio de Jasso, Hidalgo debido al juego de veto que pagó el Hidalgo después del juego de cuartos contra Morelia.

El Parma fichó a Nakata para la temporada 2001-02 por una cifra récord de 27 millones de euros, la más cara hasta la fecha para un futbolista japonés. Tras la conclusión de los partidos de ida y vuelta, hubo dos eliminatorias que quedaron empatadas a una victoria para cada equipo. El partido de ida en el Guillermo Plazas Alcid de Neiva terminó con victoria del «Poderoso» por 1-0 sobre Huila con gol de Jackson Martínez; en el partido de vuelta en Medellín empataron 2-2: Jackson Martìnez y Luis Fernando Mosquera anotaron para Medellín, mientras que Erwin Maturana y Lewis Ochoa anotaron para Huila. En el minuto 2 del primer tiempo, España se puso por delante del marcador gracias a un gol de falta que marcó Xavi Hernández. Sin embargo, el rendimiento del japonés menguó con el paso del tiempo, y en el año 2003/04 quedó relegado al banquillo. A raíz de su éxito en el país, también se convirtió en una importante imagen publicitaria e icono de moda en el mercado japonés. De este modo, Nakata se convirtió en el segundo japonés que jugó en el campeonato italiano, por detrás de Kazu Miura, y su contratación conllevó un fuerte revuelo mediático en su país.