La cantera del Albacete Balompié mueve cerca de 400 jugadores entre el fútbol base del club y la Fundación Albacete Balompié, camiseta futbol 2024 encargados de coordinar la actividad de las secciones inferiores. El control accionarial del club queda en manos de la Fundación Valencia CF con el 72% de acciones al comprar (gracias a un préstamo de Bancaja avalado por el gobierno valenciano) todas las acciones no vendidas al público. La intervención del gobierno valenciano como avalista hizo que se nombraran nuevos patronos en la Fundación para tener un mayor control sobre la refinanciación de la deuda. El equipo parecía otro y completó una magnífica segunda vuelta del campeonato recuperando fútbol y dignidad, ascendiendo hasta un triste pero muy trabajado 9.º puesto, que al menos sirvió para que el equipo disputara en verano la Copa Intertoto que daba acceso a la UEFA. El equipo terminó octavo en la clasificación final. Mejora la imagen, el compromiso y el rendimiento del equipo, plantando cara y venciendo a rivales fuertes, pero sin llegar a alcanzar puestos europeos, quedando finalmente 8.º en la clasificación, y quedándose a las puertas de disputar la final de la Europa League. Europa League pero se queda fuera de los puestos Champions.

Además de los torneos españoles, se puede acceder a competiciones internacionales como son la AFC Champions League, la Russian Premier Liga o al circuito de baloncesto FIBA 3×3 World Tour. El nuevo presidente Manuel Llorente, puesto por las instituciones, tuvo como principal objetivo rebajar la deuda con la entidad bancaria. La temporada siguiente se contrató a Unai Emery con el objetivo de volver a la Champions League, objetivo que no se alcanzó hasta dos años después. Con Héctor Cúper como técnico, en la temporada 1999-2000, en su debut en la moderna Liga de Campeones el club llega por primera vez en su historia a la final de la Champions pero es derrotado por el Real Madrid tras haber hecho un inmejorable campeonato. A finales de la década, el club inicia su segunda época dorada con la llegada del entrenador italiano Claudio Ranieri, del veloz goleador Claudio «Piojo» López y de Gaizka Mendieta, que conquistan la Copa del Rey 1998-1999 y consiguen la primera clasificación del equipo para disputar la moderna Liga de Campeones. En 2012 el club decide no renovar a Unai Emery tras cuatro temporadas por un supuesto fin de ciclo, y Manuel Llorente contrata a Mauricio Pellegrino en su debut como entrenador, sin contar con la opinión de la dirección deportiva ni del consejo de administración.

En lo económico la deuda se redujo con la ampliación de capital de 2009 y la venta de jugadores pero continuaba sin poderse afrontar, ni por supuesto reanudar las obras del futuro estadio, camisetas de fútbol ni siquiera con el plan Newcoval acordado entre Llorente y Bancaja. El gran endeudamiento del club, unido a la crisis inmobiliaria que sufrió el país, hizo suspender la construcción del futuro estadio a principios de 2009. Al descender el precio del suelo ya no se podía vender el suelo del actual Mestalla para afrontar la construcción del nuevo. Romario se lesionó en un partido del Trofeo Naranja, lo cual le apartó de los terrenos de juego hasta dos meses y viajó a Brasil a recuperarse. Mientras tanto el equipo cayó derrotado en las tres primeras jornadas de liga dando una muy mala imagen, sobre todo Jorge Valdano en El Sardinero al dejar a su propio equipo con un hombre menos al incluir cinco jugadores extracomunitarios sobre el terreno de juego (en lugar de los cuatro reglamentarios). Suelen ser jugadores muy elásticos y con una visión de juego extraordinaria, algunos también poseen un gran talento y técnica para regatear o hacer diferentes filigranas. Se aseguró que habría una segunda fase de venta de acciones para democratizar el club pero nunca llegó a realizarse.

Cabe destacar además, que ambos clubes no pactaron un encuentro amistoso hasta 1934, situación particularmente irregular considerando el papel que desempeñaban este tipo de partidos en la organización deportiva de la época. Pese a la calidad individual de la mayoría de jugadores y las ambiciones que se pretendían, con el equipo envuelto en una complicada situación económica, social y deportiva, no se alcanzó ningún triunfo más allá de clasificar cada año para disputar la Champions, hasta que en 2008 se conquistó inesperadamente la séptima Copa a pesar de una vergonzosa campaña liguera en la que se sufrió hasta las últimas jornadas por mantener la categoría. En la temporada 2003-2004 repite título y también gana la Copa de la UEFA, logrando así un doblete histórico y situando al Valencia como mejor equipo del mundo del año 2004 según la IFFHS. El estadio estaba equipado únicamente con las instalaciones imprescindibles y un aforo limitado de 10 000 espectadores, pagadas por la directiva, pues la empresa constructora a la que se le había avanzado una parte importante del dinero, quebró. Condado del Valle de Salazar, haciendo referencia a una finca propiedad del I conde que se ubicaba en la localidad de San Andrés.