Badiola fue elegido presidente de la Real Sociedad con el apoyo del 72% de los presentes, camisetas futbol baratas 2024 el 43% del total. Ante la avalancha de críticas, el presidente convocó elecciones para el 30 de junio de 2005, a las que anunció que no se presentaría. El 9 de junio se disputa la penúltima jornada en la que parecía que se iba a materializar el descenso. El equipo parecía condenado al descenso en aquel momento, aunque la directiva siguió confiando en la labor de Lotina. Un empate bastaba a la Real para mantener la categoría, pero una eventual derrota, unida a victorias de Zaragoza y Deportivo supondrían el descenso a Segunda División. En esta misma temporada, Aranzubia marcaba un gol de cabeza en un córner en el último minuto que supondría el empate (Almería 1-1 Deportivo), consiguiendo ser el primer portero de la historia de la Liga Española en marcar de cabeza. En aquel momento la Real sumaba 3 victorias, 1 empate y 6 derrotas en Liga. En esta temporada la Real de Moyes cosechó en Liga 9 victorias, 10 empates y 8 derrotas. En 2009, la Real Sociedad celebraba su centenario afrontando su tercera temporada consecutiva en Segunda División. La temporada 21/22 termina con un nuevo fracaso, tras una temporada irregular el equipo terminaría clasificándose para los playoffs de ascenso a Segunda División.

En la jornada 34.ª visitaba Anoeta el líder, el FC Barcelona, que encadenaba 31 jornadas invicto, a punto de igualar el récord de partidos invictos en una misma temporada que tenía la Real desde la campaña 1979-80. En la jornada del 30 de abril de 2011, la Real Sociedad logró vencer de manera inesperada al líder y futuro campeón esa temporada de Liga y Champions League, así como defender el histórico récord de 1980 que se daba casi por perdido. Sin embargo el equipo de Montanier comenzó a sembrar dudas por su juego y encadenó una racha negativa de resultados entre las jornadas 6 y 13 en las que consiguió dos empates, equipacion dela real sociedad seis derrotas y ninguna victoria. En la Copa del Rey, la Real superó la ronda de 1/16 de final eliminando al Granada CF por un global de 5-3. Era la primera vez en 24 años que la Real eliminaba del torneo de Copa a otro equipo de Primera División poniendo fin a una larga racha negativa en este torneo. Desde la llegada de Lotina la Real había ganado 2 encuentros, empatado 5 y perdido otros 5. Sin embargo esta situación empeoró al inició de la segunda vuelta, la Real volvió a encadenar una racha totalmente negativa y tocó fondo en la jornada 25 tras perder 3-2 en Zaragoza.

Los de Iñaki Alonso firmaron una buena segunda vuelta, lo que hizo que certificaran su permanencia en Alcoy, en las últimas jornadas. Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. La Real obtuvo otra victoria más en casa en un duelo directo por la permanencia contra el Real Zaragoza en la jornada 36 por otro 2:1. A pesar de estos dos resultados se llegó a la última jornada sin tener la salvación matemática asegurada. La Real obtuvo la salvación matemática a falta de dos jornadas y acabó el año obteniendo 47 puntos y un 12.º puesto que mejoraba los números de la campaña anterior. El arranque de temporada del equipo es sobresaliente y se logra alcanzar el liderato en la jornada 7. Fue el único equipo de la categoría sin perder ningún encuentro en todas las jornadas disputadas hasta ese momento.

El equipo jugó en la segunda categoría nacional desde principios de la década del 2000 hasta que la temporada 2009-10 logró el ascenso tras superar en la promoción al Extremadura y al Oiartzun. Almería al almeriense y hasta el momento entrenador del filial Francisco Rodríguez Vílchez, el que es unos de los jugadores más reconocibles e importantes de la historia del Almería, además de ser el 5.º máximo goleador histórico del conjunto almeriensista. Tres han sido las temporadas en las cuales el primer equipo, y su filial han ascendido respectivamente. En esta temporada fueron necesarios un número de puntos más alto que en otras temporadas. Acabó la temporada con solo 3 goles, una cifra baja comparada con sus números de temporadas anteriores. Skoubo, que había llegado en el mercado invernal de la temporada anterior, dejando una buena impresión, se pasó casi toda la temporada de baja afectado por dolores en la espalda. Una victoria en Málaga en la jornada 11 (1:2) marcó el punto de inflexión. Tras un bagaje de 18 partidos, el equipo solo sumó 20 puntos y cerró la temporada con una victoria frente a la Unión Deportiva Las Palmas, lo que le permitió terminar en 19.ª posición que, al descender por motivos administrativos el Club Deportivo Guadalajara por distintas irregularidades en el proceso de ampliación de capital de dicha entidad, le permitió mantenerse en la categoría.